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Es un proyecto del Centro de Estudios Ayuuk (CEA-UIIA A.C) que inicia sus operaciones académicas en el año 2006 en modalidad de diplomado en la comunidad indígena de Jaltepec de Candayoc Mixe, Oaxaca.
Es una institución privada de acceso público ya que procura subsidiar la beca de colegiatura de todos sus estudiantes que proceden de pueblos indígenas y no indígenas a través de diversos donativos.
Su planta docente está conformado por profesores indígenas y de otros orígenes y, forma parte del Sistema Universitario Jesuita (SUJ); logrando así una formación integral e intercultural.
La iniciativa de formar una universidad indígena surgió al interior de la organización Servicios del Pueblo Mixe A. C. (SER-Mixe A. C.), quien desde 1982 había realizado una serie de reflexiones en torno a la educación y su relación con la lengua y la cultura de la región mixe. En el 2004 se firma un convenio entre SER-Mixe A. C. y el Sistema Universitario Jesuita (SUJ), para contribuir de manera efectiva a favor de la educación acorde a la realidad y cultura del Pueblo Mixe y de los pueblos indígenas en general, se consideró necesaria la constitución de un Centro de Estudios Ayuuk como primer paso.
En enero de 2007 el ISIA inició sus cursos para las licenciaturas en Administración y Desarrollo Sustentable (ADS) y, Comunicación para el Desarrollo Social (CDS). En agosto de 2010 inició la licenciatura en Educación Intercultural (EIN). Estos programas ofrecen la opción, para el estudiante del ISIA, de una salida intermedia que consiste en recibirse como Profesional Asociado, con un grado técnico en Desarrollo Rural Sustentable, en Comunicación Social y en Educación Comunitaria.
Las propuestas educativas fueron estructuradas con el propósito de crear un vínculo entre las comunidades rurales e indígenas y la institución educativa. En ellas se atienden las dimensiones relativas a la articulación con la comunidad, valoración de lo intercultural, investigación y formación para la vida.
La primera generación de egresados en Administración y Desarrollo Sustentable y Comunicación para el Desarrollo Social sucedió en junio de 2011. A partir de junio de 2014 se tienen egresados en la Licenciatura en Educación Intercultural.
A la fecha, en el ISIA ha habido estudiantes provenientes de 14 culturas pertenecientes a los estados de Oaxaca, Puebla, Nayarit, Chiapas, Chihuahua, Jalisco, CD México y Veracruz: Ayuuk-Mixe, Zapoteca, Mixteca, Ikoots, Chinanteca, Chontal, Popoluca, Tzeltal, Náhuatl, Mazateca, Wixárika, Zoque, Rarámuri y de pueblos que no son indígenas.

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